ARDRA Protokoller
DNA-analyse har vist seg å være en utrolig nyttig vitenskapelige framgang, men det er på ingen måte en enkel fagområde. Det er mange måter å analysere DNA, hver med sine egne protokoller og teknikker. En slik fremgangsmåte for DNA-analyse blir forsterket ribosomale DNA-restriksjonsanalyse, forkortet som ARDRA.
Polymerase kjedereaksjon
ARDRA begynner med en polymerase kjedereaksjon (PCR) av DNA som skal undersøkes. PCR er en fremgangsmåte som brukes til å forsterke eller formere, en enkelt streng av DNA millioner av ganger for å studere visse egenskaper. For å oppsummere av prosessen, en DNA-tråd - primer - er blandet med en DNA-polymerase, et enzym som gjør det mulig å replikere DNA når det er oppvarmet og avkjølt i løpet av termisk sykling. Sykkel skaper en kjedereaksjon som produserer mange identiske tråder. DNA-kjeden som skal forsterkes til minst 1000 basepar (bp).
Agarosegelelektroforese
Det neste trinn i ARDRA prosessen kalles agarosegelelektroforese. Det er utført for å sikre DNA-fragmenter fra PCR trinnet er alle av samme størrelse og for å luke ut de som ikke er i samsvar. Agarosegel er en spesiell forbindelse som tillater forskere å skille DNA proteiner lettere. En elektrisk strøm sendes gjennom gelen, som er fylt med DNA fra PCR. Fragmenter av DNA justere i henhold til lengde, og forskerne kan velge fragmentlengder de trenger.
Fordøyelse
Fordøyelse er det trinnet hvor DNA-fragmenter påvirkes av et restriksjonsenzym. Restriksjonsenzymet kutter av DNA ved spesifikke restriksjonsseter. Dette er sannsynligvis den mest kompliserte, men mest viktig, skritt i prosessen. DNA-prøven må være tilstrekkelig stor nok til å gi rom for feil og uregelmessigheter i restriksjonsenzymet skjæreprosessen. Prosessen med nedbrytning tar flere timer, hvorunder DNA-prøve må inkubert ved 37 grader Celsius (98,6 grader Fahrenheit).
Analyse
Det siste trinn etter fordøyelse i ARDRA protokollen er å utføre en andre agarosegel elektroforese for å justere på nytt og separere DNA-trådene for analyse. Når dette er gjort, kan DNA analyseres for informasjonen forskerne ønsker å finne. Analysen kan gjøres visuelt eller ved hjelp av analyse-programvare.