DNA elektroforese Method

Bakgrunn

Gel elektroforese er en teknikk som forskere bruker til å undersøke DNA-fragmenter ved å skille dem basert på fragmentstørrelsene. DNA elektroforese metoder har applikasjoner på tvers av en rekke fagområder. DNA profilering brukes av rettsmedisinske forskere i kriminalsaker. Den kan også brukes til å sjekke om genetiske forhold eller for å etablere farskap. Biologer i bevaring feltet ansette DNA elektroforese å etablere hvor nært organismer er i slekt, noe som er spesielt nyttig i fangenskap avlsprogram hvor innavlsproblemer er en konstant trussel. Det er også ansatt ved evolusjonære biologer i sin undersøkelse av forholdet mellom artene.

Gel

DNA elektroforese metoden begynner med fylling av agarosegel. Pulverisert agarose, et ekstrakt laget av tang som ligner gelatin, er kombinert med en elektroforese buffer. En av de vanligste typene av buffer er Tris-borat-EDTA (TBE). Blandingen blir utsatt for varme inntil den smelter, og deretter avkjøles raskt og plasseres i en støpe brett hvor det vil stivne. Blandingen fremstilles på en slik måte at fordypninger, kalt prøvebrønner, er igjen i gelen. Hensikten med gel-blanding er å tilveiebringe et medium for den DNA til å reise gjennom som også gir motstand.

Nåværende

Støpe skuffen er plassert i en elektroforese kammer. DNA-prøver, i en bufferløsning av sine egne, er lastet inn i brønnene. På dette tidspunktet, vil strøm bli ført gjennom gelen. Det er imidlertid viktig å sikre at den negative elektrode er plassert på den enden hvor prøvebrønnene befinner seg i kammeret. DNA er negativt ladet, og vil reise mot den positive elektrode, som bør være på enden av skuffen. Når strømmen er på, DNA-fragmentene forsøk på å reise mot den positive elektrode. Gelen gir motstandsdyktighet mot DNA-fragmentene og de mindre fragmentene vil reise raskere enn de større.

Undersøkelse

Evalueringen av utviklingen av DNA kan utføres på tre måter. Sporingsfargestoffer kan anvendes, sammen med bromfenolblått og xylencyanol fargestoffer som blir vanlig anvendt for dette formål. En alternativ metode er å bruke etidiumbromid, et fluorescerende fargemiddel. Dette kan tilsettes til gelen før elektroforese prosessen. Men den kan også brukes til å sette flekker på gelen etter elektroforese gjennom neddykking i en fortynnet løsning av etidiumbromid. Hvorvidt etidiumbromid tilsettes på forhånd eller at det er undersøkt i en ultrafiolett-transilluminator.