Formålet med buffer i elektroforese

Elektroforese er en metode som ofte benyttes i biokjemi og molekylær biologi for å separere makromolekyler, vanligvis proteiner eller nukleinsyrer. Denne separasjon gjør det mulig for individuelle proteiner eller nukleinsyresekvenser som skal isoleres og analyseres fra en kompleks blanding av dem. Et typisk eksempel på dens anvendelse ville være ved separering av DNA-fragmenter som var blitt fremstilt fra en mikrobiell fellesskap ved hjelp av PCR (Polymerase Chain Reaction).

Prinsipper for elektroforese

Elektroforese skiller molekyler langs en gradient basert på deres størrelse, ladning eller egenskaper. Det gradient kan være et elektrisk felt eller, i tilfelle av denaturering Gradient gelelektroforese (DGGE), et denatureringsmiddel, slik som en blanding av urinstoff og formamid. Proteinene vil migrere mot anoden hvis negativt ladet, og katoden hvis positivt ladet; avstanden av migrasjon, avhengig av størrelsen.

Denaturering Gradient Gel elektroforese

Med DGGE, beveger DNA langs en gradient av økende denaturering kraft, inntil kraften er tilstrekkelig til å denaturere den aktuelle DNA-fragment. På dette punktet migreringen stopper, noe som betyr at fragmentene vil bli separert basert på deres følsomhet overfor denaturering.

Hva Buffer Does

I tilfelle av elektroforese som skiller på basis av kostnad, blir ladningen overføres via ionene som leveres av bufferen. Bufferen, ved å tilveiebringe et reservoar av svak syre og base, også holder pH innenfor et snevert område. Dette er viktig fordi strukturen og ladning av et protein eller nukleinsyre vil endre seg hvis den utsettes for betydelige pH-endringer, og dermed hindre riktig separasjon.

typiske Buffere

Forskjellige buffere fungerer best for ulike ønskede pH-områder. Typiske buffere anvendes, omfatter eddiksyre, borsyre, fosforsyre og sitronsyre, glycin og taurin. Generelt bør pKa-verdien (syre dissosiasjonskonstant) være nær den ønskede pH, og buffere som gir arter av lav kostnad størrelse er foretrukket, for ikke å lede for mye strøm.

Sammendrag

Elektroforese skiller makromolekyler etter størrelse, ladning og / eller egenskaper, og en buffer er nødvendig for å gi en stabil pH og ledningsfritt.