Forskjellen mellom Northern Blot & Reverse Northern Blot

Genene i DNA er som oppskrifter i kode. Fremgangsmåten som snur den informasjon som er kodet i et gen i et protein som kalles genekspresjon. Biologer ofte behov for å bestemme hvorvidt et gen som blir uttrykt i et gitt vev typen og nivået av ekspresjon. To teknikker for å studere genekspresjon er Northern blotting og omvendt Northern blotting.

Northern Blotting

Biologer starte en Northern blot ved isolering av mRNA fra en vevsprøve. Den mest praktiske måte å gjøre dette på er ved hjelp av den "poly-A-halen," en streng av adenin (A) nukleotider på enden av et mRNA-transkript, som er en RNA-kopi av genet i DNA. Når biolog har isolert mRNA, kan hun skille det på basis av størrelse ved hjelp av gelelektroforese, og deretter overføre den til en nitrocellulosemembran. En enkelt-trådet DNA-probe blir tilsatt, og sonden vil feste seg eller "hybridisere" til en komplementær RNA-transkript. På grunn av at proben er merket (enten med en radioaktiv isotop eller på et enzym), kan det biologen bestemme hvorvidt RNA-transkript av interesse var til stede i den vevsprøve. I så fall betyr dette genet blir uttrykt.

Omvendt Northern Blotting

Omvendt Northern blotting er basert på de samme prinsippene, men det er litt annerledes. Membranen er blitt behandlet slik at den inneholder en samling av DNA-fragmenter; Disse DNA-fragmenter "cDNA" eller DNA-kopier av RNA-transkripter. Når biolog trekker RNA fra vev, er det radioaktivt merket og brakt i kontakt med membranen, der det vil holde seg til eller "hybridisere" med matchende DNA-fragmenter. Tilstedeværelsen av den radioaktive sonde tillater biologen for å bestemme hvorvidt RNA-transkript for genet av interesse var til stede i den vevsprøve.

sammenligninger

Både Northern blot og omvendt Northern blot er teknikker for analyse av genekspresjon, slik at de begge svarer den samme typen spørsmål, om enn på en annen måte. Omvendt Northern blotting er mer nyttig i de tilfeller hvor mengden av RNA er mer begrenset, fordi mer RNA er nødvendig for å utføre en Northern blot. Følgelig er Northern blot mindre gjennomførbart hvis bare små prøver er tilgjengelig.

betraktninger

Både Northern blotting og omvendt Northern blotting er mer sjelden brukt i dag, delvis fordi mer effektive teknikker for analyse av genuttrykk har blitt tilgjengelig. Mikromatriser, for eksempel, tillater biologer for å analysere ekspresjon av mange gener på en gang, i stedet for bare ett gen om gangen. Northern blotting kan brukes i forbindelse med revers transkripsjon PCR (RT-PCR) for å studere genekspresjon av enkeltgener. RT-PCR er svært følsom, slik at det også har fortrengt omvendt Northern blotting i de fleste applikasjoner.