Hvordan beregne koblingsulikevekt

Koblingsulikevekt er et viktig konsept i genetikk som oppstår når en genotype ved en locus er avhengig av en genotype på et annet locus. Avhengigheten av disse to genotyper betyr at hyppigheten av visse kombinasjoner av alleler kan være annerledes enn det som kan forventes når man vurderer lene separat. Koblingsulikevekt er et viktig begrep for å forstå når man studerer rekombinasjon, og kan beregnes med en tilstrekkelig forståelse av genetikk og sannsynlighet.

Bruksanvisning

1 Bestem haplotype frekvens. For eksempel, hvis du har en to loci (A, B), hver med to alleler (A1, A2, B1, B2), enn det vil være fire haplotyper: A1B1, A1B2, A2B1, A2B2. Som et eksempel, anta at frekvensene er 0,5, 0,25, 0,15 og 0,1, respektivt.

2 Bestem allelfrekvenser i form av haplotype frekvens. For eksempel, for å finne frekvensen av allelet A1, vil du oppsummere den frekvensene A1B1 og A2B2 (i vårt eksempel, 0,5 og 0,25, henholdsvis, noe som gir 0,75), og for å finne frekvensen av allelet B1, vil du oppsummere frekvensene av A1B1 og A2B1 (i vårt eksempel, 0,5 og 0,15, henholdsvis, noe som gir 0,65).

3 Multipliserer frekvensene av allelene A1 og B1 fra det foregående trinnet sammen. I ligningen form, dette ser ut som (A1B1 + A2B2) * (A1B1 + A2B1). I eksempelet ovenfor, frekvensene av A1 og B1 er 0,75 og 0,65, respektivt. Multiplisere tallene sammen gir 0,4875.

4 Trekk haplotype frekvensen av A1B1 fra trinn 1 ved den oppnådd fra trinn 3. Det resulterende tall er den verdi koblingsulikevekt. I vårt eksempel er det haplotype frekvensen av A1B1 0,5 og verdien fra trinn 1 er 0,4875, noe som resulterer i en koblingsulikevekt verdi på 0,125.

Hint

• En koblingsulikevekt verdi på null indikerer fullstendig uavhengighet av allelene, mens en verdi på én angir fullstendig avhengighet.