Hvordan Design en Reverse Primer

Hvis du er ny til praksisfeltet genetikk, vil du finne at det å vite hvordan man skal utforme en omvendt primer er viktig i nesten alle posisjoner i feltet. Det er et viktig trinn i PCR (polymerase kjedereaksjon), som forsterker et bestemt gen for å bestemme dets nærvær og / eller mengde. Ved å vite hvordan du kan få den utformet oligonukleotid primer, vil du være ett skritt nærmere i å vite brukt gen-analyse.

Bruksanvisning

1 Skriv sekvensen av genet av interesse i Primer-BLAST (se Ressurser) for de aktuelle artene, og angi parametrene etter behov (f.eks Tm kan variere avhengig av hårnål loops og GC innhold).

2 Klikk "Get Grunning" for å utnytte Primer-BLAST motor. Varierende primere kan vises hvis de er tilgjengelige for din genet, og deres sekvenser vil bli oppført sammen med sine egenskaper.

3 Velg primer som passer best til din genet av interesse.

4 Design primer fra den valgte sekvensen. Dette vil være vanskelig for folk flest uten en sterk organisk kjemi bakgrunn, så det er best å sende en forespørsel til en bedrift eller institusjon som vil designe din primer for deg. Hvis du ønsker å designe det selv, se Ressurser for en etablert protokoll.

Hint

• Vær sikker på at primeren er det motsatte komplement av en genomisk sekvens utenfor genet av interesse. Ellers kan din primer gløder feil, eller ikke i det hele tatt, i løpet av PCR.
• Tm bør tas i sterke hensyn som det kan påvirke effektiviteten eller suksessen av PCR. Se Ressurser for en Tm kalkulator.
• Unngå gjentakelser som vil føre hårnåler eller løkker, da dette kan føre til "primer-dimer", der primere annealer til seg selv og forurense PCR blandingen.
• Sørg for at din fremover primer ikke vil binde til reverse primer.