Hvordan fortelle om en Aptamer har funnet sin Target

Hvordan fortelle om en Aptamer har funnet sin Target


Aptamerer er forholdsvis korte kjeder av nukleotider som er opprettet for å binde seg til et bestemt mål. De nukleotider er de samme komponentene som utgjør DNA- eller RNA-molekyler, og når de er satt inn i det riktige konfigurasjon at de er meget spesifikke, og har høy affinitet for deres mål. Den høye spesifisitet betyr aptamer binder bare til målet den er designet for, og høy affinitet betyr aptamer binder veldig lett til målet.
Men dette er bare små molekyler, og du kan ikke bare ta en titt og se at de matchet opp med sine mål. Heldigvis finnes det måter å få den aptamer å rapportere tilbake. Det er to forskjellige generelle konfigurasjoner, en hvor aptamer binder målet internt eller på bare en ytre bindingssete, og den andre i hvilken mål bindes på to steder.

Bruksanvisning

Enkeltside Binding

1 Feste en ferrocen-kompleks til en ende av aptamer. Ferrocen er en organometallisk forbindelse som har god elektronoverføring egenskaper.

2 Bygg aptamer med en tiol å opphøre den andre enden. Tiolgruppen er et svovelhydrogen ordning som har en sterk affinitet for gull.

3 Konstruer en gullelektrode, og lar aptamerer å feste til overflaten.

4 Dypp elektroden i løsningen av interesse, og overvåke strømmen. Når aptamer binder seg sitt mål, vil den endre sin konfigurasjon og bringe de to ender som ligger nær hverandre. Dette bringer den nær til ferrocen gullelektroden, noe som øker strømmen, slik at overvåking av strømmen kan fortelle hvor mange av de aptamerer har funnet sine mål.

Double nettstedet Binding

5 Hvordan fortelle om en Aptamer har funnet sin Target

Fargeendring er en metode for å kontrollere aptamer-binding.

Immobilisere den ene ende av en aptamer til en fast overflate.

6 Introduser målmolekylet i løsningen som omgir aptamerer på den faste overflate.

7 Konstruer en annen aptamer spesifikk for det samme målet molekylet, og legge ved en gull nanopartikkel til den andre enden.

8 Vask løsningen, og deretter innføre en nanopartikkelvekst løsning. Veksten Løsningen vil sette ekstra gull på nanopartikkel frø og skape et synlig fargeendring hvor målet molekylet er til stede. Du kan bare se på overflaten og se forskjellen i fargen der aptamer har funnet sitt mål.

Hint

  • De to metodene som presenteres her er representative for to hele klasser av reporter analysen: single-site og dobbel-site "sandwich" analyser. Det er mange andre konkrete alternativer til disse generelle typer analysen. Selv om disse metodene er konseptuelt enkle, de krever noe kompetanse og avansert utstyr.