Sequence Alignment Tools

Sequence Alignment Tools


Moderne DNA-sekvensering og molekylærbiologiske teknikker har gjort det mulig for forskere å samle store mengder sekvensdata for gener og proteiner. For å komme videre, men det er ikke nok å bare samle inn data - forskere må kunne gjøre følelse av det også. Det er der programvare som sekvens justering verktøy komme til nytte. Her er noen av de viktigste verktøy tilgjengelig på Internett. For å få tilgang til en av de fire verktøyene som er beskrevet i denne artikkelen, følg linkene under Resources.

BLAST

Basic Local Alignment Search Tool eller BLAST er en usedvanlig kraftig verktøy tilgjengelig på nettet fra National Center for Biotechnology Information (NCBI). BLAST kan justere to DNA-sekvenser og sammenligne dem for å finne ut hvor like de er; Du kan også skrive inn en sekvens i BLAST og søke en hel database med sekvenser for noe som passer eller er like. En vitenskapsmann kan søke BLAST for menneske sekvenser som ligner på en gris gen, for eksempel, og finne ut hvor mange likheter det menneskelige og gris varianter aksje. Alternativt biologer kunne sekvensere gener fra en DNA-prøve og gjøre en BLAST søk for å prøve å identifisere arter - et viktig program for bevaringsbiologi.

ClustalW & ClustalX

ClustalW og ClustalX er en justering verktøy for DNA og / eller proteiner. Når brukeren innganger et sett av protein eller DNA-sekvenser, vil Clustal justere dem og identifisere likheter og forskjeller. Ved innretting proteiner, for eksempel, vil ClustalW markere enhver posisjon hvor aminosyrene er den samme, ved hjelp av en stjerne, mens et kolon betegner forskjellige aminosyrer med lignende kjemiske egenskaper, og en plass betegner helt forskjellige aminosyrer. ClustalW er kommandolinjeversjonen, mens ClustalX er den grafiske versjonen. Disse justering verktøy har et bredt spekter av applikasjoner, inkludert studere gener eller proteiner fra forskjellige organismer for å finne ut hvor nært de er i slekt.

ExPASy

Den ExPASy eller Expert Protein Analysis System er en online samling av verktøy fra den sveitsiske instituttet for bioinformatikk. Mange av disse verktøyene er ikke spesifikt justering relaterte; for eksempel verktøy som ProtParam hjelpe forskere gjøre forutsigelser om noen av en protein egenskaper basert på sin aminosyresekvens, og disse predikerte egenskaper kan være nyttig i å isolere den. Andre nyttige verktøy inkluderer en oversettelse verktøy som konverterer en nukleotidsekvens for en aminosyre-sekvens og flere opprettingsverktøy som justerer proteinsekvenser og kan finne egnede undersegmenter. Disse verktøyene er nyttige i proteomikk, studiet av proteinstruktur og funksjon i celler.

FASTA

FASTA er et annet verktøy tilgjengelig på nettet fra European Institute of bioinformatikk. Forskere kan skrive protein eller DNA-sekvenser og søke mot eksisterende databaser for å identifisere lignende sekvenser. FASTA justerer deretter noen kamper og - som de andre opprettingsverktøy - med på å bestemme hvor like eller ulike de er. Algoritmen den bruker, er imidlertid forskjellig fra den som brukes ved BLAST. For svært lignende sekvenser, bør FASTA og BLAST levere tilsvarende resultater; BLAST er raskere for mindre lignende sekvenser, selv om FASTA kan være mer nøyaktig hvis sekvensene som er svært forskjellige.