Shotgun Sekvense Protocol

Shotgun Sekvense Protocol


Shotgun-sekvensering er en tilnærming til sekvensering av rekkefølgen av basepar i et genom. Det var en av de to tilnærmingene som brukes til å sekvensere det menneskelige genom, den andre er de tre-trinns tilnærming ansatt i statlig finansiert Human Genome Project.

Egenskaper

I hagle sekvensering, er mange kopier av et kromosom terninger i mindre biter ved hjelp av enzymer kalt restriksjonsenzymer som gjør kutt i DNA. Disse mindre biter blir deretter klonet eller kopiert i bakterier og sekvensert.

Funksjon

Nøkkelen til hagle sekvensering, er at mange av de fragmenter som inneholder overlappende sekvenser eller segmenter som kalles contigs (forkortelse for sammenhengende sekvenser). Når fragmentene er blitt sekvensert, kan dataene bli montert på en datamaskin for å rekonstruere den opprinnelige sekvensen av hele kromosomet.

betraktninger

Hele-genomet hagle-sekvenseringsmetode som er mest hensiktsmessig for mindre genomene til enklere organismer som mangler genomer med mange repeterende sekvenser. Genomer med mange repeterende sekvenser er mer utfordrende, siden maskinen ikke kan være i stand til å tildele identiske sekvenser til riktig sted. Likevel har hagle sekvense blitt en mye brukt metode for genomsekvensering.