Slik feilsøker PCR-primer dimer

Slik feilsøker PCR-primer dimer


Primer dimerer en frustrerende veisperring å støte på når du kjører polymerase kjedereaksjoner, eller PCR. De oppstår når endene av primerne er komplementære, som induserer binding. De bundne primere viser seg som korte bånd i lengden av primerne som brukes i en agarosegel. Det er noen enkle metoder som du kan bruke til å kvitte eksperimentet av primer dimer før ty til en komplett primer redesign.

Bruksanvisning

Problemløsing Protocol

1 Bruk en lavere konsentrasjon av primer. Prøv en 1:10 fortynning fra det som kalles for ved inngrepet.

2 Øk glødetemperaturen for inngrepet. Flytt temperatur opp til 5 grader Celsius under smeltetemperaturen for de mindre primer.

3 Legg dimetylsulfoksid (DMSO) opp til 5 prosent av reaksjonsvolumet. Dette vil forbedre spesifisiteten av DNA-templatet for primerne, bidrar til å redusere forekomsten av dimerer.

4 Bruk en varm start PCR kit for å maksimere spesifisitet, hvis de enkle stegene ovenfor ikke er effektive. Følg nøye instruksjonene som følger med settet.

5 Gå til siste utvei. Redesign dine primere for å sikre at endene er ikke utfyllende.