Southern Hybridisering Protocol

Southern hybridisering brukes til å skille og identifisere bestemte DNA-sekvenser fra et genom som har blitt skåret i stykker av enzymer. Hybridisering trinnet kan sonder for å feste til sekvensen blir sett for så sekvensen vil være synlig gjennom luminescens (lyse opp) eller radioaktivitet.

Utvinning og Fordøyelse

DNA bør først trekkes ut og spaltet opp i små fragmenter. Dette gjøres ved hjelp av restriksjonsenzymer. Restriksjonsenzymer hogge opp lengder av DNA i mindre biter. De gjør dette ved å kutte DNA ved en bestemt sekvens som er spesifikk for det enzym. Restriksjonsenzymet bør være valgt for sin evne til å kutte DNA på hver side av sekvensen blir så for.

Atskillelse

DNA-segmentene som skal kjøres gjennom en agarosegel ved hjelp av elektroforese, en teknikk som bruker en elektrisk strøm til å trekke DNA gjennom en gel med små porer i den. Hastigheten av et fragment gjennom gelen avhenger av dens lengde, og mindre fragmenter bevege seg raskere, og således separering av DNA etter størrelse. DNA kan deretter overføres til en membran laget av Nylone eller nitrocellulose.

Sonde

En passende enkeltrådet DNA-probe må utformes som er komplementær til sekvensen testen er ute etter. En markør --- slik som et enzym eller en radioaktiv molekyl --- må festes til proben.

visualisering

Etter inkubering av Southern blot med probe for en tid som er spesifikke for den bestemte sonde er membranen vasket for å fjerne ikke-spesifikk binding og er utsatt for en kilde av chemo-luminescens som viser plasseringen av enzym prober eller røntgenstråler. Der DNA lyser er sekvensen analytikeren er på jakt etter.