Typer av gelelektroforese

Gel elektroforese er en laboratorieteknikk som separerer organiske molekyler ved hjelp av en elektrisk strøm til å trekke molekyler av forskjellige størrelser gjennom porer i en gelmatriks. Forskjellige molekyler er sortert basert på elektrisk ladning eller molekyl størrelse; molekyler som er kortere eller høyere i netto kostnad flytte på en raskere hastighet mot terminalen elektroden. Disse forskjellige molekyler er sammenlignet med molekyl fragmenter av kjent lengde. Vanlige anvendelser av denne fremgangsmåte omfatter embryo screening for genetiske sykdommer eller lidelser og genetisk fingerprinting.

SDS-PAGE

For å electrophorese proteinmolekyler, er det vanligvis ikke nødvendig å denaturere dem først fordi et protein sekundære, tertiære og kvartære strukturer er bøyd og foldet gjør denne teknikken umulig; den primære strukturen til et protein som er en rettkjedet polypeptid. SDS (natriumdodecylsulfat) er et vaskemiddel som oppløser obligasjonene som gir proteiner sine foldede konfigurasjoner, og sulfat gjør kjeden negativt ladet. PAGE (polyakrylamid gelelektroforese) er den prosessen som fragmenter av disse denaturerte proteinene vandrer mot den positive elektrode gjennom gelmatriks, polyakrylamid. Flekker brukes på proteinfragmenter for å se dem i gel. Et problem med denne metoden er at den bare skiller fragmentene etter størrelse, heller enn aminosyresekvens; slik at det er vanskelig å fastslå nøyaktig proteintype ved hjelp av denne metoden.

Agarosegelelektroforese

DNA- og RNA-molekyler allerede bære en negativ ladning som et resultat av den organiske fosfatgruppen del av sin sukker-fosfat-hovedkjeden; Dette fosfat er negativt ladet tilførsel av en netto negativ ladning til hele molekylet. Agarose danner et kompleks matrise gjennom hvilken nukleotider kan migrere. Høyere konsentrasjoner av agarose i løsningen vil tillate enklere separasjon av mindre fragmenter, mens det motsatte er tilfelle for større molekyler. Mindre genetiske kjeder vandrer lenger og raskere enn større kjeder; også jo høyere spenningen som brukes, jo raskere molekylene vil bevege seg. En flekk, ofte EtBr (etidiumbromid), blir brukt til å observere fragment band, som er målt mot kjente DNA-fragmenter. En ulempe med denne metoden er at gelen har potensial til å smelte under elektroforese.

Mindre vanlige protokoller

Sekvenserings geler oppnås ved denaturering av DNA-molekyler med varme og ved hjelp av en polyakrylamidgel nær denaturering temperatur. Ofte underlag inneholde andre denaturerende forbindelser. Denne type elektroforese tillater isolering av DNA-sekvenser som skiller seg fra så lite som ett basepar. Elektrofokuserings geler gir mulighet for separasjon av proteinmolekyler uten å denaturere dem; proteiner migrere basert på deres opprinnelige kostnad. Dette oppnås ved med hensikt å helle en gel med en pH-gradient fra den ene enden til den andre. Som proteinene vandrer de søke ut en pH, ved å legge til eller miste ioner, noe som vil gi den en nøytral ladning; her vil det bli fokusert, eller fast.