Typer av sekundær struktur og deres egenskaper
Proteiner dannes fra kjeder eller polymerer av aminosyrer. Sekvensen av aminosyrer (sammen med eventuelle modifikasjoner) bestemmer hvilken struktur til proteinet vil ta i bruk. Proteiner har fire nivåer av struktur: primære, sekundære, tertiære og kvaternære. Primærstruktur er bare sekvensen av aminosyrer, mens sekundær struktur refererer til 3-D struktur vedtatt av segmenter av aminosyrekjeden.
Alpha Helix
En alpha heliks er en svært vanlig form for sekundær struktur der aminosyren kjeden vendinger for å danne en delikat coil. Nitrogenet fra peptidbindingen i hver aminosyre har et hydrogen bundet til det, slik at det kan danne en slags interaksjon som kalles en hydrogenbinding med oksygenatomet i karbonylgruppen i hver peptidbinding. De hydrogenbindinger holde helix sammen og hjelpe den beholde sin form.
sidekjeder
Sidekjedene av aminosyrer i en alfaheliks alle peker ut fra det helix, noe som gjør en fullstendig omdreining hver 3.6 aminosyrer. Helix er vridd med klokken, slik at det er noen ganger beskrevet som "høyrehendt". Et protein kan inneholde flere alfa-helikser, og noen proteiner som keratin (protein som finnes i hår og negler) utviser denne type struktur over det meste av sin lengde.
beta Ark
En beta-plate er også holdt sammen ved hjelp av hydrogenbindinger, men i dette tilfellet to regioner av polypeptidet er plassert side om side, og hydrogenbindingene holde dem sammen i en slags plissert arkdannelse. Sammenkoblede tråder kan enten kjøre i motsatt retning, og da de er antiparallell, eller de kan være parallelle med begge tilnærmingene deler samme retningen. Den anti ordningen er mer vanlig. Sidekjedene av aminosyrer vekselvis peker oppover og nedover, vinkelrett på planet til arket.
betraktninger
Polypeptider kan inneholde flere beta-ark og alfa-helikser som deler av sin totale 3-D struktur, eller tertiær struktur. En enkelt polypeptid kan være et protein som i seg selv, eller flere polypeptider kan gå sammen for å danne en protein. Hvis flere polypeptider som er involvert, er deres arrangement i rom som kalles den kvaternære struktur. Sekundær struktur refererer spesielt til alfa-helix og beta-arks funksjoner. Som tertiær og kvartær struktur, kan det bli uordnede eller denaturert gjennom anvendelse av høy varme og / eller vesentlige endringer i pH.