Gel elektroforese Protokoller

Gelelektroforese bruker muligheten av molekyler til å passere gjennom en gel eller matrise som reaksjon på en elektrisk strøm. Det separerer proteiner, DNA eller RNA basert på størrelsen og ladning av molekylet. Gelelektroforese anvendes i rettsmedisin, genetikk, analyse av proteiner og molekylærbiologi. Molekylene i gelen kan bli visualisert og registrert ved bruk av kameraer og datamaskiner.

Western blotting

Western blotting tillater studiet av spesifikke proteiner ved bruk av gelelektroforese og antistoffer. Proteiner har ofte en komplisert struktur, og må denatureres ved bruk av varme og vaskemidler; disse stoffene også belegge proteinet for å gi det en negativ ladning. Proteinene beveger seg gjennom gelen, vanligvis akrylamid, basert på deres størrelse. Når skilt fra gelen proteinene kan overføres til en membran, som så kan farges for spesifikke proteiner ved anvendelse av antistoffer. Proteinene kan visualiseres ved hjelp av en rekke teknikker og mengden av proteinet, kan bestemmes.

zymografi

Zymografi er basert på Western blotting, men studier enzymer. Akrylamid i gelen kopolymeriseres med et substrat slik som gelatin. Til forskjell fra Western blotting, er enzymer som ikke ble behandlet med en detergent. Når enzymene har beveget seg gjennom gelen, er det akrylamid kjemisk fjernet, og gelen er plassert ved 37 grader Celsius i et buffer for å fremme enzymaktivitet. Gelen blir ofte farget med Coomassie blå og områder av enzymaktivitet vil forbli uten flekker eller klar.

Agarosegelelektroforese

Agarosegelelektroforese kan skille proteiner, RNA eller DNA. Nukleinsyrene blir separert ved størrelse, med mindre molekyler beveger seg raskere gjennom gelen, mens proteinene blir separert ved ladning på grunn av størrelsen av porene i en agarosegel. Disse geler kan brukes til å studere genetikk nukleinsyrer. For å visualisere nukleinsyre, som fluorescerer under ultrafiolett lys (UV), etidiumbromid blir ofte brukt; forårsaker imidlertid etidiumbromid genetiske mutasjoner, slik sikrere alternativer er tilgjengelige.

To-dimensjonal elektroforese

To-dimensjonal elektroforese benyttes til å skille proteiner. Proteiner separert ved sin ladning, og deretter ved deres masse. Det er ofte brukt i proteomforskning å studere global protein ekspresjon i et vev eller organisme, og kan også bestemme forskjeller i protein uttrykk mellom vev.