Hva gjør Etanol gjøre i en DNA Extraction?

Før DNA kan bli sekvensert, testes eller analyseres, må det først trekkes ut fra cellene. Celler inneholder mange andre molekyler som proteiner og lipider; imidlertid, og en vitenskapsmann naturligvis ønsker å få en løsning av DNA som er så ren som mulig. Vanlige metoder for DNA-ekstraksjon innebære bruk av isopropanol eller etanol i ett trinn av fremgangsmåten.

Egenskaper

Både etanol og isopropanol blanding brønn (er blandbare med) vann, men de har lavere dielektriske konstanter enn vann, noe som betyr at deres evne til å skjerme positive og negative ladninger i oppløsningen og holde dem adskilt er mye dårligere. Den dielektriske konstant for vann, for eksempel, er 78,5, mens den konstante for etanol er 24,3. DNA er negativt ladet, slik at det er tiltrukket av positive ioner i oppløsningen som kalium eller natrium. Etanol har en dårligere evne enn vann for å holde de positivt ladede ioner og DNA fra hverandre.

Konsentrasjon

Etanol gjør også DNA mindre oppløselige for en annen grunn. Siden etanolmolekylene kan danne interaksjoner kalles hydrogenbindinger med vannmolekyler, redusere de antall vannmolekyler tilgjengelig til hydrat DNA. Mellom denne effekten og jo lavere dielektrisk konstant, etanolen i hovedsak fører til at DNA til å aggregere med positive ioner i oppløsningen, som danner en fast eller bunnfall på bunnen av røret. Utfelling av DNA som tjener til å gjøre det mer konsentrert fordi andre forurensninger i løsningen ikke blir utfelt samtidig.

betraktninger

Etanolen vaske tjener også til å fjerne lavmolekylære forurensninger som salter og vaskemidler. Det valgte salt kan variere avhengig av hvorvidt det er nødvendig å utfelle den natriumdodecylsulfat vaskemiddel fra et tidligere trinn; kalium-dodecylsulfat, for eksempel, er uoppløselig og utfelles så ved hjelp av kaliumacetat i en alkalisk lyserings kan fjerne SDS før den etanol / isopropanol blir tilsatt. Etanol kan også anvendes for å presipitere RNA for mye de samme grunner, selv om utfellingen av RNA vil typisk kreve mer etanol.