Hvordan er DNA Visualized Bruke Gel elektroforese?

Etidiumbromid

For dette visualisering teknikk blir etidiumbromid blandes med agarose pulver, EDTA-buffer og vann for å danne gel-matriksen før elektroforese. Som et resultat av de etidiumbromid-molekylene blir jevnt dispergert i hele grunnmassen. Når gel s brønner har blitt fylt med de respektive DNA-prøver og sporingsstoffer, blir spenning tilført til langsomt å trekke de store, polare forbindelser på tvers av matrisen.

Under denne bevegelse, baser av DNA-molekylene midlertidig binder til de etidiumbromid-partiklene, å dra dem sammen. Ved tiden elektroforese er fullført, har hver enkelt DNA-molekyl plukket opp på betydelig mengde av etidiumbromid.

I nærvær av ultrafiolett lys, etidiumbromid utstillinger fluorescens. Teknikere skinne en spesialkalibrert UV-lys over gelen mens en maskin fanger bildet av glødende fragmenter.

metylenblått

Hvis en UV-transilluminator ikke er tilgjengelig eller praktisk kan teknikere gjengi DNA synlig under normale tilstand ved å dyppe den ferdige agarosegel med electrophoresized DNA inne, i en løsning av metylenblått over natten.

En kloridsalt med en vesentlig hydrofob anion, metylen blått molekyler trenge gjennom hele gelmatriks. Imidlertid hydrogenbinding gjennom hele DNA fører til flekk molekyler til å akkumulere. Denne økte flekk tetthet rundt DNA gir en dypere nyanse av blått, synlig for det blotte øye.

Spore Fargestoffer

Utover den relative størrelsen av DNA-band, kan teknikere måle den absolutte størrelsen (i basepar) av hvert fragment ved hjelp av kjemikalier kalt sporing fargestoffer. Synlige uten tilsetning av metylenblått eller etidiumbromid, sporing av fargestoffer slik som bromfenolblått og xylencyanol beveger seg over de aragose gelmatriser under elektroforese med samme hastighet som DNA-fragmenter består av 300 nukleotider og 4000 nukleotider, henholdsvis. I elektroforese, mer massive DNA-fragmenter reise på tvers av gel matrix på en lavere hastighet enn mindre fragmenter.
Derfor, mens sporingsstoffer ikke direkte påvirker synligheten av DNA-fragmenter, som sammenligner posisjonen til et DNA-fragment i gelen til posisjonen for disse fargestoffer tillate teknikere for å "se" det omtrentlige antall nukleotider DNA-fragmentet inneholder.